нет возможности управления этой фичей

а зачем управление, если это страховка и предупреждение. Какие могут быть ситуации, когда у нас версия в файле VERSIONS - является больше чем версия в хранилище и это правильно? Именно больше и не равно?

1. Это указали неправильное хранилище.
2. Это пересоздали хранилище и теперь синхронизации не будет происходить и никто об этом не узнает, т.к. версия в Versions больше в хранилище и пока они не сравняютса, гитсинк будет счастливо завершаться, т.к. ему ничего не надо делать.

при обрезании хранилища существующий репозиторий Гит вообще невозможно будет синхронизировать, т.к. гитсинк будет постоянно выдавать ошибку

при обрезании хранилища, вообще ничего не будет происходить, тупо возвращаться с кодом возврата 0. Управление тут простое - ошибка, или же меняем вручную файл Versions, причем заметь, даже в текущем варианте, нам необходимо менять файл вручную, если обрезали хранилище.

Имхо, как страховка идея и реализация норм, единиственное, что добавил бы это более информативное сообщение типа Лог.Предупрждение("Возможно обрезали хранилище, измените файл Versions и исправьте %1 на правильную версию равную <= версии в хранилище %2, ВерсияВерсион, ВерсияХранилища);

С таким пояснением согласен.

Добавишь предупреждение?

Предлагаю
Лог.Предупреждение("Несоответствие версий хранилища 1С и версию в репозитории Git. |Возможно, сократили/обрезали хранилище. |Для продолжения синхронизации измените файл VERSIONS в корне репозитория Git, |Исправьте версию %1 на правильную версию <= версии в хранилище %2", ВерсияТекущая??, ВерсияХранилища??);

Исправил, но только не Предупреждении, а Ошибку вывожу, все равно же будет дальше исключение показываться.